En el año 1613, Felipe III decidió la expulsión de los moriscos murcianos que todavía quedaban en las diseminadas aljamas de la huerta y que tan vitales fueron para la producción sericícola.
La crisis se precipitó sobre la ciudad con la epidemia de peste de 1648 y la posterior Riada de San Calixto, que en 1651 arrasó Murcia con una avenida del río Segura que causó más de 1000 muertos.70 Sin embargo, en 1654 fue fundada la Real Fábrica del Salitre por orden de Felipe IV para revitalizar la ciudad.
Siglo XVIII
Vista occidental de la ciudad de Murcia en 1778, por Bernardo Espinalt, publicada en el Atlante Español.
En el año 1705 fue nombrado obispo de Cartagena Luis Belluga y Moncada. En el contexto de la Guerra de Sucesión Española fue el artífice del triunfo de la causa borbónica en la ciudad, organizando la defensa de Murcia ante el avance de la causa austracista en el sureste, venciendo en la batalla del Huerto de las Bombas, a las afueras de la ciudad. Esta victoria supuso un giro en la Guerra de Sucesión, comenzando el avance de la causa borbónica que culminaría en la batalla de Almansa.
Durante el siglo XVIII Murcia vivió una importante expansión económica. La base de este crecimiento se cimentó en un impulso agrícola basado así mismo, en el aumento de la superficie cultivada. Las roturaciones provocaron una mayor extensión de la huerta de Murcia y de cultivos de secano en la zona de campo, algo que trajo consigo la aparición de asentamientos humanos en dichas áreas (el origen de muchas de las actuales pedanías). Como afirma el historiador Rodríguez Llopis, Murcia alcanzó a finales de siglo la cifra de 70 000 habitantes. En este contexto de riqueza continuó teniendo un importante papel el comercio de la seda, de hecho en 1770 se instaló en Murcia la Real Fábrica de Hilar Sedas a la Piamontesa.
La boyante coyuntura quedó reflejada en las artes y el urbanismo de la ciudad. Es la época de las iglesias y palacios barrocos y del escultor Francisco Salzillo. La expansión motivó que el primer asentamiento humano en la margen derecha del Segura se afianzara; el hoy conocido como Barrio del Carmen.
A finales del siglo XVIII, el murciano José Moñino Redondo, conde de Floridablanca fue nombrado ministro de Carlos III. Floridablanca favoreció notablemente a la tierra que le vio nacer a través de infraestructuras y medidas de carácter ilustrado.
Siglo XIX y XX
Con el estallido de la Guerra de la Independencia española en 1808, en la ciudad de Murcia se creó una Junta Suprema presidida por el conde de Floridablanca que pretendió extender su autoridad en todo el reino de Murcia ante la ausencia del poder real.
En 1810 se produjo la entrada de las tropas francesas de Sebastiani, el día 24 de abril la ciudad fue saqueada brutalmente. El 25 de enero de 1812 las tropas francesas del general Soult entraron también en la ciudad. En la calle de San Nicolás se produjo un encontronazo entre los soldados de Soult y las milicias del general Martín de la Carrera, que murió en dicho combate.
En febrero de 1820, tras el alzamiento de Riego que supuso el inicio del Trienio Liberal, el vizconde de Huertas orquestó con campesinos de la huerta y algunos militares el asalto a la prisión para liberar a los presos políticos, como el general Torrijos, proclamándose en la ciudad la Constitución de 1812.
Cabecera del periódico El Cantón Murciano, diario oficial de la federación a la que la ciudad se adhirió durante el verano de 1873, en el marco de la Revolución cantonal.
Con la creación de las actuales provincias en 1833, Murcia se convirtió en capital de la de igual nombre, mientras que el antiguo reino de Murcia se dividió en las provincias de Murcia y Albacete.
El Puente Nuevo de Murcia. Iniciado a finales del siglo XIX, fue inaugurado en 1903. Representación de la arquitectura metálica característica del periodo de desarrollo industrial.
En 1862 comenzaron a discurrir trenes entre Murcia y Cartagena en un viaje inaugural presidido por la reina Isabel II, y en 1865 la ciudad ya estaba conectada por ferrocarril con Albacete y Madrid.79 La llegada de este medio de transporte supuso una ampliación urbana hacia el sur, desarrollándose más aún el mencionado Barrio del Carmen.
Durante el Sexenio Democrático, se produjeron dos levantamientos en Murcia de carácter federal, el primero en 1869 y el segundo en 1872, dirigidos ambos por el revolucionario Antonio Gálvez Arce, conocido popularmente como Antonete Gálvez. En el verano de 1873 la ciudad se unió al Cantón Murciano que se había proclamado en la sublevación cantonal de Cartagena, siendo uno de los principales conflictos a los que se tuvo que enfrentar la I República Española.
El 15 de octubre de 1879 acaeció la conocida como riada de Santa Teresa, una de las mayores de la historia de Murcia, la región murciana y toda la cuenca del Segura, que produjo cerca de 800 muertos en la ciudad y su huerta.
En los años de la II República, Murcia fue una ciudad con voto mayoritario de izquierdas en las sucesivas elecciones que tuvieron lugar. Durante la guerra civil, la ciudad permaneció fiel a la República hasta el 29 de marzo de 1939 cuando la 4.ª División de Navarra al mando de Camilo Alonso Vega tomó Murcia, apenas dos días antes del final de la contienda,83 en la llamada Ofensiva final.
Durante la dictadura franquista, tras la dura posguerra Murcia vivió una gran expansión urbana que le llevó a superar sus tradicionales límites bajo el sello del desarrollismo de la época, a costa de la huerta circundante y de parte del casco histórico.
Con la llegada de la Transición y la nueva organización territorial por autonomías, la ciudad se convirtió en capital de la comunidad autónoma de la Región de Murcia, siendo sede de la presidencia y las consejerías, no así del parlamento, sito en la ciudad de Cartagena.
El crecimiento económico de los años 60 y 70 vino acompañado de un auge demográfico que llevó a la ciudad a crecer a gran velocidad y crear infraestructuras viarias acordes con las nuevas necesidades. En la última década del siglo XX y la primera del siglo XXI vivió un nuevo periodo de crecimiento, convirtiéndose en el séptimo municipio por población de España y en un importante centro de negocios, a pesar de la Crisis económica de 2008-2015.